I sistemi biologici sono complessi e spesso caratterizzati da meccanismi di interazione convoluti, quali, per esempio, l’epistasi, la pleiotropia ed il trofismo. Per essere compresi è necessario conoscere tutte l’entità biologiche coinvolte e studiarle insieme, nello spazio e nel tempo. La Biologia dei Sistemi si prefigge questo obiettivo e, per farlo, prende in prestito metodi computazionali ed algoritmi dalla Teoria dei Grafi. Il grafo, infatti, è una struttura dati adatta a rappresentare e studiare la dinamica dei sistemi biologici.
In questo meetup, introdurremo i grafi biologici e, dopo un breve excursus sui metodi per costruirli e rappresentarli, impareremo a identificare gli elementi di un grafo più “importanti” e misureremo la loro importanza in base ad una funzione obiettivo. Faremo uso di Python e Pyntacle per applicare quanto appreso allo studio di un problema reale di biologia computazionale.

Speaker:
Tommaso Mazza, Ph.D., Eng. Laboratory of Bioinformatics, PI
Fondazione IRCCS Casa Sollievo della Sofferenza

Meetup di Deep Learning Italia